Mehmet Ali Çelebi, 18 Eylül 2008'de Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınmıştı.

Daha sonra telefonlarına Hizn ut-Tahrir örgütü militanlarının telefonlarının "sehven" yüklendiği ortaya çıkmıştı. Mehmet Ali Çelebi, Hasdal Cezaevi'ndeki nikahıyla da kamuoyunun gündemine geldi. 33 ay cezaevinde kaldıktan sonra tahliye oldu. 

Savaş helikopteri pilotluğu görevi verilmeyen Çelebi, kendi isteğiyle emekli oldu. mehmet ali çelebi, amacının tbmm'ye milletvekili olarak girmek olduğunu söyledi.