İş Kanunu'nun ilgili maddelerine göre kısa çalışma uygulanan bir işyerindeki çalışanların yıllık izin hakları da etkilenmektedir. Kısa çalışma sürecinde çalışanlar, genellikle sigortalı oldukları sürece yıllık izinlerini kullanmaya devam etmektedirler.
Ancak bu izinler, çalışılmayan günlerle beraber taksitlendirilerek kullanılmaktadır. Yani çalışılmayan günler, yıllık izin hakkına mahsup edilmektedir. Örneğin, bir çalışanın yıllık izin hakkı 14 gündür ve işyerinde kısa çalışma uygulaması başlamışsa, çalışan bu 14 günlük iznini kullanmaya devam edebilir. Ancak çalışılmayan günler de izin süresine dahil edilir ve kısmi çalışma süresinde eksik olan günlerle birlikte izin kullanılır.
Yani çalışanın normalde 10 gün çalışması gereken bir hafta, 2 gün kısa çalışma nedeniyle çalışılmadıysa, bu 2 gün izin süresine dahil edilir ve çalışanın 10 günlük izin hakkından 2 gün düşer. Böylece çalışanın geri kalan 8 günü daha sonra kullanması gerekmektedir.
Kısa çalışma sürecinde yıllık izinlerin kullanılmasında işveren ve çalışanlar arasında anlaşmazlık yaşanabilir. İşveren, çalışanların belirli bir döneme ait izinlerini kısaltmak veya izinlerini başka bir zamana taşımak isteyebilirken, çalışanlar ise yıllık izin haklarının korunmasını talep edebilirler. İşverenlerin bu konudaki talepleri, çalışma koşullarının belirlenmesi aşamasında tespit edilen açık ve net kurallara uygun olarak belirlenmelidir. Sonuç olarak, kısa çalışma sürecinde çalışanların yıllık izin hakları etkilenmekle birlikte, bu haklar genellikle korunmaktadır.
Çalışılmayan günlerin izin süresine dahil edilmesi ve izinlerin taksitlendirilmesi gibi uygulamalarla çalışanların yıllık izinlerini kullanmaya devam etmeleri sağlanmaktadır. Ancak bu konudaki detaylar işveren ve çalışanlar arasında yapılan anlaşmalara ve ilgili yasal mevzuata bağlı olarak değişiklik gösterebilir.