Genelkurmay Başkanlığı'nın idari soruşturmaya tabi tuttuğu Başoğlu, Türk Silahlı Kuvvetleri Disiplin Kanunu'nun "Disiplinsizlik veya suç teşkil edebilecek bir fiili nedeniyle hakkında yapılan inceleme ve araştırmanın emniyetli ve sıhhatli devam etmesi amacıyla personelin idari izinli sayılarak görevinden geçici olarak uzaklaştırılabileceği" şeklindeki ilgili maddesi gereğince görevden uzaklaştırıldı.
Tuğgeneral Başoğlu'nun, girişimin ardından darbecilerin gönderdiği yazılı emri "yok" sayarak yırttığı öğrenilmişti.
Başoğlu, emrin yazılı olduğu kağıdı yırttıktan sonra görüştüğü Kütahya Valisi Ahmet Hamdi Nayir'i bilgilendirdi ve darbe emrini "yok" hükmünde saydığını, şehrin asayişi ve güvenliği için kolluk kuvvetleri olarak devlet ve milletin yanında olduğunu belirtmişti.
Nayir'in tavsiyesi üzerine Cumhuriyet Başsavcısı Ali Ulvi Yılmaz ile de görüşen Başoğlu, yaşananlar hakkında bilgi vermişti. Daha sonra garnizondaki komutanlarla toplantı yapan Başoğlu, kendisi dışında kimseden emir alınmaması talimatını vermişti.