25 Aralık soruşturmasını başlatanlara yönelik iddianamede, "Fethullah Gülen Terör Örgütü" ifadesi kullanıldı. Paralel yapının polis ve yargı gücüyle hükümete darbe yapmak istediği öne sürüldü.
İddianamede, özel yetkili savcıların açtıkları davalar kapsamlı bir şekilde yer aldı. Ergenekon, Balyoz, şike davaları, MİT müsteşarlarının ifadeye çağrılması, dönemin Erzincan Başsavcısı İlhan Cihaner'e uygulanan gözaltı ve buna benzer çoğu soruşturma iddianamenin ana başlıkları arasında yer aldı.
Şüphelilerin, o dönem başbakan olan Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın da aralarında olduğu 29 kişi hakkında fezleke hazırladıkları ve amaçlarının başbakanı gözaltına almak olduğu ileri sürüldü.
Paralel yapının askerlere uydurdurma delillerle 2007'den itibaren operasyon yaptığı, Gezi Parkı olaylarının desteklediği, Bülent Arınç'a suikast iddiasıyla devletin 60 yıllık sırlarının olduğu kozmik odaya girdiği de iddianamede yer alıyor.
İlker Başbuğ'un tutuklanmasının paralel yapılanmanın ilk büyük infazı olduğu, bu şekilde toplumun nabzının ölçüldüğü iddia edildi.
Paralel yapılanmanın bir dönem Fenerbahçe Kulübü'nü ele geçirmek için kumpas kurduğu da öne sürüldü.
MİT Müsteşarı Hakan Fidan ve MİT eski müsteşarlarının KCK soruşturmaları kapsamında ifadeye çağrılması ise ihanetin başlangıcı olarak nitelendirildi.
İddianamede, örgütün hedefinin sadece hükümet değil, devletin bütünü olduğu, hakim ve savcıların baskı ve şantajla sindirildiği, istenilen şekilde karar vermelerinin sağlandığı iddia edildi.
69 şüphelinin olduğu iddianamede Fetullah Gülen'in aralarında bulunduğu bazı sanıklara müebbet hapis cezası isteniyor..
İddianamede, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın da aralarında olduğu 8 şikayetçi ve 27 mağdur bulunuyor.