İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından Fetullahçı Terör Örgütü'nün (FETÖ) 15 Temmuz'daki darbe girişiminin ardından örgüte iltisaklı hakim-savcılara yönelik başlatılan soruşturma kapsamında, örgüte üye olduğu iddiasıyla 20 Ağustos'ta tutuklanan ve 24 Ağustos 2016'da da meslekten ihraç edilen, kamuoyunda "Balyoz Planı'' davası olarak bilinen Türk Silahlı Kuvvetlerinde görevli rütbeli askerlerin yargılandığı davanın duruşma savcılarından Savaş Kırbaş hakkındaki soruşturma tamamlandı.
Kırbaş hakkında, "Anayasal düzeni ortadan kaldırmaya teşebbüs", "Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ve TBMM'yi ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını engellemeye teşebbüs" suçlarından üç kez ağırlaştırılmış müebbet ile "FETÖ silahlı terör örgütüne üye olmak" suçundan 15 yıla kadar hapis cezası istemiyle dava açıldı.
Balyoz Planı davasının, FETÖ'nün yargı içindeki mensupları aracılığıyla ortak bir merkezde hazırlanan kumpas davası olduğu ve Kırbaş'ın da bu yapı içerisinde hareket ettiği savunulan iddianamede, ''Balyoz Planı'' davasında yargılanan 21 kişinin, uğradığı hak ihlallerine ilişkin dönemin savcısı Savaş Kırbaş'ı 2013'te HSYK'ya şikayet ettiği ancak şikayetin işleme konulmadığı, 2014'te yapılan itirazın da yine reddedildiği belirtilerek, şikayetçilerin avukatının yeniden itiraz etmesi üzerine 5 Ocak 2015 tarihinde HSYK tarafından incelemeye alındığı vurgulandı.
Balyoz soruşturmasında ve dava aşamasında yapıldığı belirtilen usulsüzlüklere de yer verilen iddianamede, şüpheli Kırbaş'ın FETÖ'nün şifreli mesajlaşma programı olan ByLock'u 2014 yılından kullandığı vurgulanarak, FETÖ'nün 2014'teki HSYK seçimlerinde kendi mensubu olan hakim ve savcılarını tespit emek amacıyla örgütün kriptolu haberleşme programını kullandığı, şüpheli Kırbaş'ın kullandığı telefon cihazında da, 20 Ağustos'tan tarihinden itibaren ByLock programını kullanmaya başladığının tespit edildiği belirtildi.