Enstitü, su ile ilgili geleceğe yönelik yapılacak çalışmaların yönlendirilmesi, takip edilmesi, kısa ve uzun dönemli su yönetimi stratejisinin geliştirilmesi, su yönetimi ile ilgili görev yapmakta olan kurum ve kuruluşlar arasında koordinasyonun sağlanmasına yönelik bilgi üretmekle görevli olacak.
Su ile ilgili ulusal ve uluslararası kuruluşların çalışma, bilgi üretimi ve istatistik faaliyetleri ile diğer dış gelişmeleri takip edecek enstitü, ulusal ve uluslararası su sektörünün işbirliği içinde çalışması için gerekli faaliyetleri yürütecek. Enstitü ayrıca, sürdürülebilir su politikalarının
geliştirilmesi ve küresel su meselelerinin çözülmesi yönünde stratejiler üretilmesine katkısağlayacak.
Ulusal ve uluslararası su politikaları geliştirmek amacıyla bilimsel araştırmalar yapacak enstitü, forum, konferans, toplantı, seminer, sempozyum vebenzeri faaliyetlere katkıda bulunmak, eğitim programları düzenlemek, su hukukuna ilişkin çalışmalar yapmak, su kaynaklarının sürdürülebilir kalkınma ve yenilenebilir enerji üretimi amacıyla kullanılması ilkelerinin belirlenmesine yönelik bilgi üretmekle de görevli olacak.
Enstitü teşkilatı, Yönlendirme Komitesi, Yönetim Kurulu ve Enstitü Başkanlığından oluşacak.
Yönlendirme Komitesi, Orman ve Su İşleri Bakanının başkanlığında, Bilim, Sanayi ve Teknoloji, Çevre ve Şehircilik, Dışişleri, Enerji ve Tabii Kaynaklar, Gıda, Tarım ve Hayvancılık, İçişleri, Sağlık, Orman ve Su İşleri Bakanlığı müsteşarları, Orman ve Su İşleri Bakanlığından bir müsteşar yardımcısı, Devlet Su İşleri Genel Müdürü, Su Yönetimi Genel Müdürü, Meteoroloji Genel Müdürü, Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu Başkanı, Türkiye Su Enstitüsü Başkanı ile Orman ve Su İşleri Bakanlığınca belirlenecek iki üniversite öğretim üyesi veya sivil toplum kuruluşu temsilcisinden oluşacak.Komite, enstitünün politika, hedef ve stratejileri ile çalışma ilkelerini belirleyecek.
Yönetim Kurulu, Orman ve Su İşleri Bakanlığı Müsteşarının Başkanlığında, Enstitüsü Başkanı, Enstitüsü Başkan Yardımcısı, Politika Geliştirme Koordinatörü, Proje Geliştirme ve Uygulama Koordinatörü ile Çevre ve Şehircilik Bakanlığı, Dışişleri Bakanlığı, Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığı, Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Su Yönetimi Genel Müdürlüğü, Devlet Su İşleri Genel Müdürlüğü, Meteoroloji Genel Müdürlüğü ve Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu temsilcilerinden oluşacak.
Enstitünün yürütme organı olan Enstitü Başkanlığı, Başkan ve Başkan Yardımcısı ile Politika Geliştirme Koordinatörlüğü, Proje Geliştirme ve Uygulama Koordinatörlüğü, İdari ve Mali İşler Koordinatörlüğü birimlerinden oluşacak Başkan, müşterek kararname ile diğer personel ise Orman ve Su İşleri Bakanı tarafından atanacak. Başkan ve Başkan Yardımcıları için en az lisans
düzeyinde öğrenim görmüş olması ve kamu kurum ve kuruluşlarında, üniversitelerde veya özel sektörde toplam en az on yıl deneyim sahibi olması şartları aranacak. Koordinatörler için bu süre beş yıl uygulanacak.İhtiyaç duyulması halinde, Başkan ve Başkan Yardımcısı pozisyonlarına,emekli olmuş kamu personelinden yetmiş iki yaşını doldurmamış kişiler arasından sözleşmeli olarak atama yapılabilecek.
Enstitünün bütçesi, genel bütçeden yapılacak yardımlar, faaliyetlerden
elde edilen gelirler, yayın ve patent gelirleri ile yardım ve bağışlardan oluşturulacak.
Su ile ilgili ulusal ve uluslararası kuruluşların çalışma, bilgi üretimi ve istatistik faaliyetleri ile diğer dış gelişmeleri takip edecek enstitü, ulusal ve uluslararası su sektörünün işbirliği içinde çalışması için gerekli faaliyetleri yürütecek. Enstitü ayrıca, sürdürülebilir su politikalarının
geliştirilmesi ve küresel su meselelerinin çözülmesi yönünde stratejiler üretilmesine katkısağlayacak.
Ulusal ve uluslararası su politikaları geliştirmek amacıyla bilimsel araştırmalar yapacak enstitü, forum, konferans, toplantı, seminer, sempozyum vebenzeri faaliyetlere katkıda bulunmak, eğitim programları düzenlemek, su hukukuna ilişkin çalışmalar yapmak, su kaynaklarının sürdürülebilir kalkınma ve yenilenebilir enerji üretimi amacıyla kullanılması ilkelerinin belirlenmesine yönelik bilgi üretmekle de görevli olacak.
Enstitü teşkilatı, Yönlendirme Komitesi, Yönetim Kurulu ve Enstitü Başkanlığından oluşacak.
Yönlendirme Komitesi, Orman ve Su İşleri Bakanının başkanlığında, Bilim, Sanayi ve Teknoloji, Çevre ve Şehircilik, Dışişleri, Enerji ve Tabii Kaynaklar, Gıda, Tarım ve Hayvancılık, İçişleri, Sağlık, Orman ve Su İşleri Bakanlığı müsteşarları, Orman ve Su İşleri Bakanlığından bir müsteşar yardımcısı, Devlet Su İşleri Genel Müdürü, Su Yönetimi Genel Müdürü, Meteoroloji Genel Müdürü, Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu Başkanı, Türkiye Su Enstitüsü Başkanı ile Orman ve Su İşleri Bakanlığınca belirlenecek iki üniversite öğretim üyesi veya sivil toplum kuruluşu temsilcisinden oluşacak.Komite, enstitünün politika, hedef ve stratejileri ile çalışma ilkelerini belirleyecek.
Yönetim Kurulu, Orman ve Su İşleri Bakanlığı Müsteşarının Başkanlığında, Enstitüsü Başkanı, Enstitüsü Başkan Yardımcısı, Politika Geliştirme Koordinatörü, Proje Geliştirme ve Uygulama Koordinatörü ile Çevre ve Şehircilik Bakanlığı, Dışişleri Bakanlığı, Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığı, Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Su Yönetimi Genel Müdürlüğü, Devlet Su İşleri Genel Müdürlüğü, Meteoroloji Genel Müdürlüğü ve Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu temsilcilerinden oluşacak.
Enstitünün yürütme organı olan Enstitü Başkanlığı, Başkan ve Başkan Yardımcısı ile Politika Geliştirme Koordinatörlüğü, Proje Geliştirme ve Uygulama Koordinatörlüğü, İdari ve Mali İşler Koordinatörlüğü birimlerinden oluşacak Başkan, müşterek kararname ile diğer personel ise Orman ve Su İşleri Bakanı tarafından atanacak. Başkan ve Başkan Yardımcıları için en az lisans
düzeyinde öğrenim görmüş olması ve kamu kurum ve kuruluşlarında, üniversitelerde veya özel sektörde toplam en az on yıl deneyim sahibi olması şartları aranacak. Koordinatörler için bu süre beş yıl uygulanacak.İhtiyaç duyulması halinde, Başkan ve Başkan Yardımcısı pozisyonlarına,emekli olmuş kamu personelinden yetmiş iki yaşını doldurmamış kişiler arasından sözleşmeli olarak atama yapılabilecek.
Enstitünün bütçesi, genel bütçeden yapılacak yardımlar, faaliyetlerden
elde edilen gelirler, yayın ve patent gelirleri ile yardım ve bağışlardan oluşturulacak.